洗錢犯罪常為跨國性的犯罪，為有效打擊跨國洗錢犯罪、資助恐怖主義及資助大規模毁滅性武器擴散等，有賴各國政府凝聚共識並攜手合作。洗錢防制處積極參與國際防制洗錢組織，並透過與各國金融情報中心相互合作的機制以追查洗錢行為及扣押、凍結犯罪所得，使犯罪者無從享受其收益或投入後續犯罪。本處目前參與之國際防制洗錢組織有：
艾格蒙聯盟 The Egmont Group of Financial Intelligence Units
亞太防制洗錢組織 Asia/Pacific Group on Money Laundering（APG）於1997年設立，為區域性防制洗錢組織（FATF-Style Regional Body，簡稱：FSRB），其目的在於協助其會員國接受與履行FATF 所制訂有關防制洗錢、打擊資恐及打擊資助大規模毀滅性武器擴散之國際標準。