動員五百人 小英養二十五個黑機關
身兼中華職棒聯盟會長的藍委吳志揚也認為，新政府宣示的發展策略在體育署業務內就可推動，成立體發會只是在現行組織上「疊床架屋」，未來體育署不但要受教育部節制，還被政委「監督」，甚至不在政府科層內的人也可「下指導棋」，「頭頂上的婆婆媽媽這麼多，只會讓體育署公務員無所適從，將來只怕更不敢做事。」
吳志揚還質疑，體育署納入教育部後業務變多了，人力、經費卻沒相對增加，但根據行政院「體育運動發展委員會設置要點」，體發會運作所需經費，竟必須由體育署編列預算支應，這等於是壓縮體育署原已拮据的經費。
「若新政府真的重視體育發展，」吳志揚認為，應直接將體育署升格為體育部，而不是設置妾身未明的監督單位，來限縮各部會自主空間。
過去政府標榜分工精細能帶來高效率，卻往往造成組織疊床架屋，部門的本位主義與相互掣肘，反容易形成權責不明、功能不彰的弊病。因此從一九九○年起，行政院著手規畫政府改革工程，希望簡化政府行政層級，循功能整合與事權統一的方向，依照職能類同、權責明確原則，將組織「扁平化」後，進一步提高效能、精簡人力。
只不過幾年搞下來實質成果很有限，透過總量管制確實減少部會級的機關，但任務編組型的臨時機關，卻如雨後春筍般冒出，尤以扁政府時期最為顯著。

不受國會監督，卻能直接命令公務員

陳水扁當選總統是台灣第一次政黨輪替，但因面臨「朝小野大」的困境，加上不相信由長期執政的國民黨政府養成文官體系，從扁上台後就開始衍生出一堆體制外的單位，例如政院南、中、東、雲嘉南聯合辦公室等。根據《中央法規標準法》相關規定，國家各機關組織應以法律定之，但這些單位卻僅以內部組織規程就逕行運作，因此才被外界戲稱為「黑機關」。
這些「黑機關」內部建置的官位雖不大，但憑藉著有行政部門的「大人物」撐腰，往往可以「直通」政府機關。更因為沒有法源依據，經費不受國會監督，行為不受組織規範，嚴重破壞既有的文官體制。
事實上，扁朝最為人詬病也在人事任命與安排只有政治權謀和酬庸，不尊重專業，缺乏監督的黑機關，往往就是藏汙納垢之所在
馬政府時期大力推動政府組織改造，雖然展開清查扁時代的「黑機關」，並將部分組織「合法化」。只不過文官制度的僵化，使政府政策與民意經常出現落差。
為了避免政策設計不夠親民屢犯眾怒，馬政府習慣透過跨部會溝通平台，來規避單一行政機關決策僵化的風險，面對重大民生議題則會成立「任務編組」，例如食品安全辦公室就是為了因應層出不窮的食安風暴。
到了蔡政府上任後，更是「變本加厲」大搞體制外的單位，只見一方面下令要精簡百分之一預算員額，一方面卻不斷擴充跨部會協調的任務性編組。除了已掛牌的能源和減碳辦公室、年金改革辨公室、體育發展委員會，目前也研議成立文化會報，加上《促進轉型正義條例》若立法通過，行政院未來將再新增促進轉型正義委員會。

非法組織指揮法定機關

林全曾宣稱要以大政委模式，推動跨部會事務。如今任務編組林立，只要修改《行政院處務規程》即可成立，並由政委擔任召集人。即使組織無法源依據、諮詢委員不具法定職權，但因政委處理跨部會的特定議題時，對部會的行政權，往往可介入影響甚至干預，連帶依附在政委下運轉，職能又不受國會審議、監督的黑機關，也可輕易凌駕正式行政機關之上下指導棋。
「這等於讓非法組織來指揮法定機關，當然是很奇怪的一件事！」吳志揚質疑，政委本身就具有跨部會協調功能，其實不需要特別成立一個溝通平台，蔡政府熱中這種做法，原因無非是要培養一群「背書部隊」，代表新政府不尊重現有機關，也不相信既有的文官體制。
另一位資深藍委更嘲諷，依照民進黨過去的定義，只要沒有組織章程的單位皆是「黑機關」，那蔡政府被稱為用「黑機關」治國，倒也當之無愧。
對於外界搞「黑機關」的批評，政院一律強調這只是「溝通平台」，只是政院決策的「幕僚單位」。但一位與會人士卻指出，能源和減碳辦公室在掛牌成立前一天曾召集各部會開會，原以為該辦公室將提出解決限電危機的辦法，沒想到卻是找各部會討論未來運作方針，這位官員忍不住嘲諷：「權力無上限的辦公室，卻開了一場不知道要幹嘛的會議！」
另一位與會官員表示，至今尚未接獲該辦公室指派任務，「就像一個空的辦公室」，但卻能下令各中央機關、國營事業、學校等盤點屋頂可架設太陽光電板的面積，並列入績效評比，「權力之大讓人不得不從。」。

平時少囉嗦，選舉還可幫吆喝

知情人士則分析，小英政府透過「任務編組」開放管道讓人走入政府，美其名借重專業，但其實是為了選舉考量──給予這些平日意見很多的人一個有實質影響力的「頭銜」，等於是將他們收編納入體制，讓他們不會常找政府麻煩，一旦到了選舉時，又可成為政府側翼的活棋。