1. 農田水力會已確定將在10月1日改制公務機關、由農委會主管，將具「行政裁處權」，且不再有直選的會長與會務委員，改為官派並須遵守行政中立原則。

對於改制將「剝奪農民自治權」的批評，農委會農水處長謝勝信回應，從民國八十年開始，水利會會費就開始由政府補貼，這幾次水利會選舉投票率都不達三成，農民參與的比率愈來愈低；官派後，未來也有諮議委員，同樣能反映農民心聲，水利會的小組長還是維持運作。

2.「降低直選體制的選舉副效益」僅是改制理由之一，其餘還包括：強化農業水資源利用、擴大對農民服務範圍、強化組織專業經營等目標。

柯建銘指出，前行政院長郝柏村民國80年，將《農田水利會組織通則》送交立法院時，已草擬將水利會於3年內改制為公務機關，但當時部分老農派立委不支持改革，因此才在84年刪除改制條文。自水利會改為直選後，地方山頭對水利會的控制確實相對減弱，但仍具地方派系基層動員功能，柯建銘呼籲應支持改革。

且「降低直選體制的選舉副效益」只是修法理由之一，總統府發言人丁允恭，水利會升格後具公權力，體質將更健全，能提供基層農民權益。