部分人士批評外籍愛滋感染者會拖垮健保，先前健保署的財務評估報告結果，影響並不大，且須先自費兩年約40萬元藥費，對外籍感染者不僅是經濟負擔，更要被列管，留下紀錄，多數贈不願意。
106年2月4日後愛滋感染者醫療費用僅限於愛滋開始服藥二年內由政府支應，開始服藥二年後之醫療費用，則由健保給付。而公務預算的支付基準均爰用全民健康保險相關規範，所以有關掛號費、膳食費、病房差價、診斷書，以及自費的項目等，均不屬於醫療費用，是沒有補助的。另外，不是因愛滋病就醫的疾病，則與一般民眾一樣，必須以健保卡就診，民眾需自付部分負擔。