登記入帳採雙證件驗證，主要是避免有心人士盜領 6000 元，過去疫苗預約系統或是民眾使用手機申報綜合所得稅等，也都曾要求民眾使用雙證件驗證，其實就算是 ATM 領現或是郵局領現，也都會要民眾提供健保卡號。普發現金官網有設置資料保護機制，且民眾登記的個人資料，都將在專案執行結束後一個月（預計 113 年 2 月底前）刪除，不做保存。